Ягуарунди демонстрирует большую гибкость в выборе мест обитания. Этих кошек встречали в саваннах, в колючих зарослях чапарали, во влажных тропических лесах. Особенности строения тела позволяют ему с лёгкостью пробираться среди густой травы и кустарника. Ягуарунди часто селятся у воды — в заболоченных местах, по берегам ручьёв, рек и озёр. В горах они забираются на высоту до 3200 м над уровнем моря.
Ягуарунди — скрытные животные, ведущие преимущественно одиночный образ жизни (за исключением брачного сезона). В отличие от большинства кошачьих, ягуарунди активны в основном днём; пик их активности приходится на 11 часов утра. Ягуарунди — наземные животные, однако они умеют хорошо лазить и плавать. На деревья, впрочем, забираются только в случаях крайней необходимости и обычно невысоко.
Питается ягуарунди разнообразными мелкими млекопитающими, рептилиями, птицами, лягушками и рыбой. Из млекопитающих эта кошка отдаёт предпочтение флоридским кроликам (Sylvilagus floridanus), камышовым хомячкам (Zygodontomys), морским свинкам (Cavia aperea) и колючим шиншиллам (Echimyidae). Из рептилий их обычной добычей являются амейвы (Ameiva ameiva) и игуаны (Iguana iguana). В небольших количествах поедают растительную пищу (фрукты) и насекомых. Совершают набеги на птичники, чтобы полакомиться домашней птицей. Пищевыми конкурентами ягуарунди являются другие кошачьи, особенно марги и оцелоты, однако эта кошка избегает прямой конкуренции с ними благодаря дневному образу жизни; конкурируют они также с лисами, койотами, рыжими рысями и пумами.
Охотно едят фрукты, в зоопарках — бананы и виноград. В Панаме разоряют плантации, часто вместе с обезьянами: забираются на деревья и поедают зелёные плоды инжира (фиги).
