О размножении ягуарунди известно немного. Недавние наблюдения выявили, что порой эти животные, которых долгое время считали одиночными, занимают участок парами и даже группами.
Самки достигают половой зрелости в возрасте 2—3 лет. На большей части ареала у ягуарунди нет определённого сезона размножения; в Мексике он приходится преимущественно на ноябрь—декабрь. В неволе самки ягуарунди размножаются до двух раз в год. В период спаривания коты сильно дерутся и издают громкие крики.
Самки устраивают логова в пустых упавших деревьях или в зарослях кустарника. После беременности в 63—75 дней рождается 1—4 котёнка. Примерно на 21 день после рождения самка начинает приносить котятам животную пищу, а на 28 день они впервые выходят из логова. К 42 дню котята уже способны охотиться сами, а к 2 годам начинают вести самостоятельную жизнь.
В неволе ягуарунди доживают до 15 лет; в природе продолжительность их жизни неизвестна.
Статус популяции и охрана
Из-за широкого ареала это животное не относится к охраняемым видам, хотя на юге США оно стало редким. О его численности и экологии известно мало.
До появления европейцев индейцы Латинской Америки, очевидно, приручали ягуарунди для охраны домов от мелких грызунов и прочих вредителей; молодые ягуарунди действительно легко приручаются и привыкают к людям. Однако подобно европейским хорькам ягуарунди разоряют курятники и тем вредит птицеводству; по этой причине в сельской местности их считают вредителями. Мех ягуарунди не обладает ценностью и не является объектом промысла, но ягуарунди порой попадаются в ловушки, поставленные на других животных. Однако основное негативное воздействие на их популяцию оказывает разрушение природной среды обитания и оскудение пищевых ресурсов.