Манул до сих пор остается крайне малоизученным видом. Он ведет скрытный образ жизни, поэтому изучение его в естественных местах обитания затруднительно. В природе врагов у манулов не много. Из наземных хищников на них, вероятно, охотится только волк. Но, так как до сих пор фактов охоты на манулов волков не описано, скорей всего, это случается редко. Взаимоотношения между манулом и другими хищными млекопитающими носят, в основном, характер пищевой конкуренции. Большую опасность представляют хищные птицы: филины, степные орлы и беркуты. Среди факторов, лимитирующих численность манулов, основным является прямое или косвенное преследование их человеком. Несмотря на то, что охота на манула запрещена на большей части ареала, его и сейчас часто уничтожают во время незаконной ночной охоты с использованием транспорта и осветительных приборов, а также при промысле петлями и капканами. Из других существенных факторов смертности следует отметить истребление манулов собаками. Наиболее опасны собаки для молодых особей. Пастушьи собаки сильно сокращают численность манулов или полностью их уничтожают в окрестностях животноводческих стоянок и населенных пунктов. Случаи гибели манулов под транспортом объясняются их поведением: затаивание – главная защитная реакция манула на опасность. При виде трактора или машины животные инстинктивно затаиваются и иногда остаются неподвижными до тех пор, когда убежать уже не удается, попадая под колеса и навесные агрегаты. На снижение численности манулов оказывают влияние и мероприятия по истреблению грызунов с применением ядохимикатов. Много животных гибнет во время степных пожаров. Высокая уязвимость манула перед сильным пожаром объясняется опять же его низкой подвижностью.
