Манул относится к семейству Felidae, роду Felis, подроду Otocolobus (Новиков, 1956), виду Felis manul, в котором выделяют три подвида (Гептнер, Слудский, 1972; European Studbook for Pallas' Cat, 1997):
- обыкновенный или сибирский манул, F. (Otocolobus) manul manul Pallas (1778),
- закаспийский манул, F. (Otocolobus) manul ferrugineus Ognev (1928),
- тибетский манул, F. (Otocolobus) manul nigripectus Hods (1842)