Онциллы широко распространены, однако встречаются довольно редко. В 1970—80-х гг. они из-за своего красивого меха являлись объектом охоты и добывались к количествах десятков тысяч. Только в 1983 г. у браконьеров было конфисковано 84000 шкур онцилл. Её современная популяция оценивается примерно в 50000 взрослых особей, однако эта цифра постепенно уменьшается из-за вырубки лесов под плантации кофе и браконьерской охоты.
В настоящее время на большей части ареала охота на онцилл запрещена, однако они по-прежнему не находятся под охраной в Эквадоре, Гайане, Никарагуа, Панаме и Перу. В 1989 г. CITES (Международная Конвенция о торговле дикими животными и растениями) внесла онциллу в Приложение I.
В неволе онцилла неплохо приручается, однако в европейских зоопарках она редка.
