Для мест обитания манула характерен резко континентальный климат с низкими температурами зимой и невысоким снежным покровом; наиболее многочислен он в малоснежных районах. Населяет манул степные и полупустынные участки в горах, мелкосопочниках, межгорных котловинах, особенно с кустарниковыми зарослями, останцами и чинками, наличием каменных россыпей и скальных расселин. В горах поднимается до 3000—4800 м над уровнем моря. В лесном поясе и в низинах редок. Мозаичность его ареала, спорадичность распространения и низкая плотность объясняются относительной стенотопностью (приуроченностью к узкому кругу местообитаний) вида. Повсеместно манул малочислен.
Манул ведёт оседлый образ жизни. Активен преимущественно в сумерках и ранним утром; днём спит в укрытии. Логово устраивает в расщелинах скал, небольших пещерах, под камнями, в старых норах сурков, лисиц, барсуков. Окрас манула обладает исключительными камуфлирующими свойствами, помогающими ему в охоте. Сам по себе манул — самый медлительный и неповоротливый из диких котов.
Кормится манул почти исключительно пищухами и мышевидными грызунами, изредка ловит сусликов, зайцев-толаев, сурчат и птиц. В летний период, в годы депрессии пищух, манул в большом количестве поедает прямокрылых и других насекомых. Добычу ловит, скрадывая её или карауля у камней и нор.
Манул не приспособлен к быстрому бегу. При опасности для него характерно затаивание; он также спасается от врагов, забираясь на камни и скалы. Встревоженный манул издаёт хриплое урчание или резкое фырканье.
