Принадлежность ягуара к семейству кошачьих не вызывает сомнений - достаточно взглянуть на его силуэт. Легко отличить ягуара от других представителей рода пантер, и, прежде всего, от леопарда, на которого он похож больше, чем на других, по рисунку на шкуре. На голове, животе и лапах черные пятна сплошные, а на боках они имеют форму «розетки», в которой, в отличие от леопарда, кольцевой рисунок окружает центральное тёмное пятно, или несколько мелких пятен. Общий фон варьирует от жёлтого до рыжего. Живот белый. Задняя часть ушей черная с белым пятном. Угол рта продолжает чёрная полоска.
Ягуар несколько крупнее леопарда: его тело более коренастое, массивное, хвост и ноги относительно короче, а голова больше, чем у леопарда. Длина тела ягуара равна 150 – 180 см, масса его 68 – 136 кг (в среднем 70-80 кг), длина хвоста 70-91 см. Самцы на 20% крупнее и тяжелее самок. Короткие сильные ноги позволяют зверю великолепно лазить по деревьям, а мощная мускулатура – совершать из засады столь стремительный бросок, что жертва не успевает даже отреагировать.
Давно известно о существовании чёрных ягуаров, меланистов. Частота встречаемости таких особей не связана с экологическими и географическими условиями. В одном выводке могут появиться котята разной окраски. У тёмных особей мех скорее не черный, а тёмно-коричневый, на котором при ярком освещении заметен характерный пятнистый рисунок.
Расположение пятен и точек на шкуре ягуара носит индивидуальный характер.
